Es el resto de un antiguo canal marino que unía las bahías de Neiba y Puerto Príncipe. Hacia mediados de 2012 su superficie se encontraba a 29 metros por debajo del nivel del mar, con una profundidad máxima de 50 metros (−79 msnm). El nivel del lago oscila debido a la fuerte evaporación de la zona, que no se compensa simultáneamente por la lluvia y el escurrimiento de las aguas superficiales de la cuenca, así como debido a las lluvias de los huracanes y los desbordes de los ríos. En 1990, se encontraba a 34 m bajo el nivel del mar mientras que en 1979 llegaba a casi 46 m bajo el nivel del mar. La tendencia histórica es a disminuir debido a que las aguas que lo alimentan están siendo usadas en la agricultura y consumo en las ciudades, mientras que la evaporación es constante.

La profundidad del fondo del lago es variable y es mayor al norte de la Isla Cabritos, con una cota 79 metros bajo el nivel del mar. Para 1979, antes del paso del Huracán David, la profundidad al norte de Cabritos era de 19,5 m mientras que al sur era de solamente 7,6 m. En 1980, al año del paso del Huracán David, la máxima profundida al norte era de 23,4 m mientras que en el lado sur era de 12,3 m.

La salinidad del Lago Enriquillo antes del 2011 era mayor que la del mar y la variación depende principalmente de la evaporación, para el 2012 la salinidad por ejemplo era de 26 g/l. En el fondo de la parte norte del lago se encontraron valores máximos que superan los 110 g/l antes del 2004, lo que hacia que el lago fuera hipersalino. Para el 2013 esta salinidad había bajado bastante como consecuencia de la gran cantidad de agua dulce proveniente de las precipitaciones que han acompañado a las tormentas y huracanes así como de los aportes del Yaque del Sur desde el 2004-2012.

La temperatura en toda la zona es relativamente alta, oscilando entre 27 grados Celsius a 28 °C, llegando incluso a 36 °C. La precipitación es baja ya que el lago se encuentra en una zona seca. La precipitación media anual es de 500 mm que se concentran en dos épocas: mayo-junio-septiembre-octubre-Diciembre-enero-julio y agosto.